समाजवादी पार्टी नेता मुलायम सिंह यादव की कथित धमकी के बाद आईपीएस ठाकुर ने उन्हें और उनके परिवार को कई अत्यंत ताकतवर लोगों से जान का खतरा होने की बात कहते हुए कैडर परिवर्तन के लिए प्रत्यावेदन दिया था। साथ ही उन्होंने प्रदेश के प्रशासनिक अधिकारियों पर भारी राजनैतिक दवाब में एकपक्षीय कार्रवाई का आरोप लगाते हुए अपनी विभागीय कार्रवाइयां भी उत्तर प्रदेश से बाहर किसी अन्य राज्य से कराए जाने का अनुरोध किया था।
हाल में राज्य में सत्ता परिवर्तन के बाद अमिताभ ने पूरे प्रशासनिक तंत्र के उनके प्रति कार्य और व्यवहार में भारी बदलाव आने और उनके प्रति पक्षपातपूर्ण स्थिति के समाप्त होने की बात कहते हुए केंद्र सरकार को लिखा था कि वह अपना कैडर परिवर्तन और जांचों का स्थानांतरण नहीं चाहते हैं और उनके प्रत्यावेदनों को निक्षेपित कर दिया जाए।
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