प्रजापति के खिलाफ यह मुकदमा आरटीआई कार्यकर्ता डॉ. नूतन ठाकुर ने दर्ज कराया था।
नूतन ने प्रजापति द्वारा गाजियाबाद की एक महिला की सहायता से उन्हें तथा उनके पति आईपीएस अफसर अमिताभ ठाकुर को दुष्कर्म के फर्जी मामले में फंसाने के संबंध में मुकदमा लिखवाया था। पुलिस ने मामले में प्रजापति के खिलाफ आरोपपत्र भेजा, जिसे सीजेएम लखनऊ द्वारा संज्ञान लिया गया। इस मामले में फर्जी आरोप लगाने वाली महिला, उसके पति तथा राज्य महिला आयोग की पूर्व सदस्य के खिलाफ भी आरोपपत्र भेजा जा चुका है।